然而双方都不愿让步，地球便在通过发讨伐火星叛势力的决议下，掀起了人类史上第一次的跨星球战争。

雷米迦企业在主导火星同盟诞生时误算了两件事，其一低估了联盟政府在决心重启军事发展後所展现的力量，其二则是估了火星住民的支持态度，纵使利用战时条款箝制舆论，仍不乏有火星住民公开批判由私人企业所C控的政权在代表火星时的正当X，而这样的反对声浪也随着连年战争而不断加剧，结果终於在联盟政府大军压境的效应下爆发，火星上数个民城市发生了组织X的叛事件。最後，这大外力及内自崩坏的作用终於让火星同盟在两个月後宣布投降，并且重新承认联盟政府的统治权。

面对如此敌意，联盟政府派遣了规模数倍於对方的队作为回应。双方舰队在小行星带区展开了激烈的会战，虽然宇宙军在yT技术上的表现劣於这支分不明的舰队，但是仍以数量优势击溃敌方阵形，并迫使其朝着太yAn系外的方向败走。

这支舰队在去除一般各勤务舰後，共计四十余艘战斗用舰艇，编制成员更达两万人。凭藉庞大的军力，联盟政府在隔年西元2393年两行星公转轨间最佳距离时再度兵，打算一举镇压火星。

地球所派遣的第一波运兵舰队在历经三个月的时间到达火星轨，但是却遭到火星同盟军的猛烈对宇火Pa0攻击而溃败撤退。联盟政府在这场冲突中，首次切T会到自军事组织在战力和情报掌控上的不足，因此内阁议会在研讨後将投注预算大幅度的调整。之後的数月间，地球第四拉格朗志的区域陆续兴建起许多太空军港，藉由推行国家意识与提供优渥工作待遇，来x1收民间的技术人才。西元2392年，联盟政府宇宙军正式成立，着手舰队的编组作业。

长达三十年的内战告终，联盟政府终於再次统合整个人类文明圈，不过和平的日并不持久，在火星同盟解散的两年後，位於木卫三的科斯米安民基地观测到一支从所未见的舰队现在太yAn系外围，并朝着地球快速接近。同年七月，这支舰队在不预警的情形下摧毁了科斯米安等三座太空站，造成超过八千居民的丧生。

在迈廿五世纪时，联盟宇宙军已经扩编至七支舰队，为数超过三百艘战斗舰的规模。终於在西元2404年，地球再度倾巢而，动员超过千余艘航舰以及八十七万余名陆战队的庞大兵力，对火星同盟行第四次，也是最後一次的攻略。

火星同盟固然也致力於发展对抗地球方面的军事力量，但是碍於国力上的劣势，无法发展能够抗衡联合政府宇宙军的舰队。因此，同盟的军事领导者决定采取不同型态的防御战略来相应，除了持续化他们的对宇轨防卫系统，另一方面也在所有的民城市推行要化工程。联盟宇宙军为了避免在德层面上遭受批判，并不会采取直接轰炸民地的法，而势必只能派遣陆战队到地表与同盟军短兵战，然而他们在面对火星构筑的防御工事时却产生远超预期的伤亡，僵持数月後，远征舰队终於耗尽人力资，被迫放弃在火星好不容易取得的滩阵地，撤回月球，结束了这次远征任务。

当二度讨伐失败的消息传回地球，不但让联盟政府在国内舆论中饱受挞伐，也和军方之间产生了嫌隙，军方指责政治家未重视情报收集的工作，只会迎合民意而仓促兵，至於内阁官员则反斥将帅无能，这场政争最後在数名极德望的政坛人四奔波协调下才得以平息。

外星文明的存在议题一直是人类在哲学和科学上的大哉问，遗憾的是以战争的形式来解答这个问题。外星族优异的军事科技给人类带来了大的冲击。在着手研究掳获的外星战舰後所取得的基础，让联盟政府获得跃式的技术发展。此外，将受到侵略的相关讯息毫不隐藏的透在社会大众面前，也被视为官方在媒T公关上的成功策略，外星人的优异技术足以唤起国民的忧患意识，但是联盟舰队击退敌人的事实也让大众不至失去抵抗的希望，宇宙军便在舆论的全面支持

对联盟政府派遣讨发军的时机造成限制的，最主要在於地球和火星彼此公转速度的不同，因此双方之间虽然未曾停止军事冲突的发生，但是在往後的十年间，地球只有发动过一次大规模的讨伐作战。